从2024赛季赛季开始日联杯由J1、J2及J3联赛60支球队参加。当赛季参加亚冠联赛的3支球队直接参与八强赛。其余57支球队分成10个小组,进行单循环小组赛,每组首名出线。从小组赛出线的10支球队进行主客淘汰赛,胜出的5支球队与参加亚冠联赛的3支球队进入八强赛。八强和半决赛均为主客场两回合淘汰制,如果两回合总进球数相同则计算客场进球数,若仍未分出胜负则进行加时赛,倘若加时赛打平则以互射点球分胜负。决赛于中立场进行,90分钟打平进行加时直至点球决出冠军。